“有證合法，無證違法”，是行政機關認定違章建筑的通常做法，房屋作為國人最重要的財產之一，如此簡單、粗暴的被認定，進而喪失所有權利當然會招致很多不滿。事實上，認定公民財產是否合法，必須以法律為依據。例如《城鄉規劃法》規定，縣級以上地方人民政府的城鄉規劃主管部門或鄉、鎮人民政府是違法建筑的認定機關，在認定過程中必須要考慮實體法的相關規定。

　　界定違章建筑的主要法律依據是《城鄉規劃法》和《土地管理法》。一方面，建筑物必須以土地為依托，離開了土地，建筑物不可能存在，依靠《土地管理法》加強土地用途的管制可以有效地限制違章建筑;另一方面，城市的違章建筑問題與農村相比更為突出，依照《城鄉規劃法》可以處理大部分違章建筑。但僅僅依據《城鄉規劃法》和《土地管理法》兩部法律所界定的違章建筑，適用范圍較窄。

　　現行法律、行政法規中，與違章建筑相關的規定還有：《建筑法》、《環境保護法》、《防洪法》、《文物保護法》、《水污染防治法》、《城市房地產管理法》、《公路法》、《鐵路法》、《水利法》等，行政法規包括《城市道路管理條例》、《文物保護法實施條例》、《廣播電視設施保護條例》、《長江三峽工程建設移民條例》、《城市綠化條例》、《建設工程質量管理條例》等。

　　認定機關應以上述法律、行政法規為依據，判斷建筑物的屬性。若違反上述法律、行政法規及規章，未取得建設工程規劃許可證或者雖取得了建設工程規劃許可證，但違反建設工程規劃許可證的規定進行建設，嚴重影響城市規劃的建筑物和構筑物的，應當認定為違章建筑。

　　另外需要注意違章建筑的補正問題。《城鄉規劃法》第六十四條規定：未取得建設工程規劃許可證或者未按照建設工程規劃許可證的規定進行建設的，由縣級以上地方人民政府城鄉規劃主管部門責令停止建設;尚可采取改正措施消除對規劃實施的影響的，限期改正，處建設工程造價百分之五以上百分之十以下的罰款;無法采取改正措施消除影響的，限期拆除，不能拆除的，沒收實物或者違法收入，可以并處建設工程造價百分之十以下的罰款。由此可以看出，違反法律、行政法規及規章建造的建筑物，并不必然被認定為違章建筑，符合條件的可以采取相應的措施而獲得補正。